L’UNCDF travaille directement avec les gouvernements nationaux des pays les moins avancés (PMA). Sa relation avec chaque gouvernement national est juridiquement établie et régie par un Accord de base type en matière d’assistance (SBAA) .

Tous les programmes de l’UNCDF reposent sur une approche commune qui consiste à garantir l’appropriation nationale ainsi qu’à s’aligner sur le Plan-cadre des Nations Unies pour l’aide au développement (PNUAD) préparé collectivement par des organismes des Nations Unies en coopération avec des gouvernements hôtes et d’autres partenaires. Dans chaque pays, l’UNCDF travaille généralement avec la Banque centrale sur l’inclusion financière et avec le ministère des Collectivités locales (ou son équivalent) sur le financement du développement local.

Les solutions thématiques offertes aux pays bénéficiaires par les programmes d’inclusion financière de l’UNCDF sont intégrées dans les programmes nationaux et dans des programmes conjoints avec le PNUD ou d’autres organismes des Nations Unies, si possible. Dans le cadre de ce processus, les programmes d’inclusion financière exigent des pays bénéficiaires qu’ils approuvent officiellement l’appui programmatique ou les investissements en matière d’inclusion financière et qu’ils reconnaissent la contribution de l’UNCDF dans ce domaine lors de l’établissement de futurs rapports concernant les objectifs du PNUAD.

De même, les programmes de financement du développement local de l’UNCDF s’assurent que la demande et l’appropriation nationale sont bien réelles. Ces programmes sont élaborés dans le cadre d’un programme national plus large qui permettra de déployer avec succès ces pilotes à grande échelle. C’est pourquoi l’approche est toujours cohérente avec les plans de développement du pays concerné et les soutient. Les programmes de financement du développement local signent un « cadre de pays » avec chaque gouvernement bénéficiaire, qui est transposé en un plan de travail annuel.